Pour la racine, est-ce que tu l'a faite bouillir ? Si non, il est possible que ça soit une moisissure. Normalement, elle n'est pas toxique (si c'est bien ce que je pense).
Pour les algues, c'est souvent le fléau des bacs fraichement mis en route.
Pour lutter contre ça, mets beaucoup de plantes à pousse très rapide (que tu enlèvera ensuite si elle ne te plaisent pas), et regarde tes paramètres d'eau. Il y a souvent un excès de nitrate, phosphate et compagnie qui sont favorables aux algues lors de la mise en route de l'aquarium.